Infectious Diseases and Vectors: Ecology, Genetics, Evolution and Control

The aims of the group MIVEGEC are to develop integrative and transdisciplinary research to the mechanisms that maintain, amplify and transmit pathogenic agents, along with their genetic and epigenetic determinants, in order to better understand how these systems evolve and to improve their control.
L’UMR MIVEGEC "Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle" a pour mission de comprendre, via des recherches intégratives et transdisciplinaires, les mécanismes de maintenance, d’amplification et de transmission d’agents pathogènes, leurs déterminants génétiques et non génétiques, afin de pouvoir mieux appréhender l’évolution de ces systèmes infectieux et contribuer à en améliorer le contrôle.
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ViroSeek_installation.txt
Mar 4, 2026 - Replication Data and Scripts : ViroSeek a viral detection pipeline for second-generation sequencing
Plain Text - 4.1 KB - MD5: a1d94219484866a57a948d13881802b9
Documentation
Installation instructions for ViroSeek.
ViroSeek.nf
Mar 4, 2026 - Replication Data and Scripts : ViroSeek a viral detection pipeline for second-generation sequencing
Nextflow Script - 14.9 KB - MD5: d6ab166a9087903150a31e61072a1e08
Code
Nextflow pipeline script for ViroSeek.
Viroseek.sh
Mar 4, 2026 - Replication Data and Scripts : ViroSeek a viral detection pipeline for second-generation sequencing
Shell Script - 537 B - MD5: 5f26695e80c215ec06a2d729eb968035
Code
ViroSeek command script, used in this study.
ViroSeek_use.txt
Mar 4, 2026 - Replication Data and Scripts : ViroSeek a viral detection pipeline for second-generation sequencing
Plain Text - 3.7 KB - MD5: a227c3711141ee2641eacea0422e3066
Documentation
Tutorial for running ViroSeek pipeline.
virus_genome_to_id.tab
Mar 4, 2026 - Replication Data and Scripts : ViroSeek a viral detection pipeline for second-generation sequencing
Tabular Data - 202 B - 2 Variables, 3 Observations - UNF:6:u5bQZ+jVWrdnqQ55z0s0Ug==
Données
Companion file for CAMISIM_script.sh (tsv version)
virus_metadata.tab
Mar 4, 2026 - Replication Data and Scripts : ViroSeek a viral detection pipeline for second-generation sequencing
Tabular Data - 242 B - 4 Variables, 4 Observations - UNF:6:zhJIrFmnz3PZU69+GdDv1w==
Données
Companion file for CAMISIM_script.sh (tsv version)
virus_mini_config.ini
Mar 4, 2026 - Replication Data and Scripts : ViroSeek a viral detection pipeline for second-generation sequencing
Unknown - 1.0 KB - MD5: e9e88231f8769d4d40be1d77a9dbb801
Code
Companion file for CAMISIM_script.sh
Virustaxo.sh
Mar 4, 2026 - Replication Data and Scripts : ViroSeek a viral detection pipeline for second-generation sequencing
Shell Script - 796 B - MD5: 0795e28824f2eea8ac17a2831eff3fa2
Code
Virustaxo command script.
Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
Feb 23, 2026
Taconet, Paul; Marti, Renaud; Lavalley Guzman, Claudia; Binot, Aurélie; Gomis, David; Fournet, Florence, 2026, "Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie", https://doi.org/10.23708/2RXQC6, DataSuds, V1
Ce jeu de données rassemble les éléments méthodologiques et les résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie. L’atelier a été organisé par l’Observatoire Montpelliér...
OMEES__atelierParticipatifMoustiqueTigre_Deroule.pdf
Feb 23, 2026 - Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
Adobe PDF - 1.3 MB - MD5: 913a49719eaf5615dfbe3d3e34940499
Données
Document méthodologique décrivant le contexte, les objectifs, les profils de participants, le déroulé et les outils d’animation de l’atelier
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