Infectious Diseases and Vectors: Ecology, Genetics, Evolution and Control

The aims of the group MIVEGEC are to develop integrative and transdisciplinary research to the mechanisms that maintain, amplify and transmit pathogenic agents, along with their genetic and epigenetic determinants, in order to better understand how these systems evolve and to improve their control.
L’UMR MIVEGEC "Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle" a pour mission de comprendre, via des recherches intégratives et transdisciplinaires, les mécanismes de maintenance, d’amplification et de transmission d’agents pathogènes, leurs déterminants génétiques et non génétiques, afin de pouvoir mieux appréhender l’évolution de ces systèmes infectieux et contribuer à en améliorer le contrôle.
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trimgalore.nf
Mar 4, 2026 - Replication Data and Scripts : ViroSeek a viral detection pipeline for second-generation sequencing
Nextflow Script - 608 B - MD5: b85ebab75a77b0fa51ff011d4e8daf9b
Code
Modules for ViroSeek
Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
Feb 23, 2026
Taconet, Paul; Marti, Renaud; Lavalley Guzman, Claudia; Binot, Aurélie; Gomis, David; Fournet, Florence, 2026, "Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie", https://doi.org/10.23708/2RXQC6, DataSuds, V1
Ce jeu de données rassemble les éléments méthodologiques et les résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie. L’atelier a été organisé par l’Observatoire Montpelliér...
OMEES__atelierParticipatifMoustiqueTigre_Deroule.pdf
Feb 23, 2026 - Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
Adobe PDF - 1.3 MB - MD5: 913a49719eaf5615dfbe3d3e34940499
Données
Document méthodologique décrivant le contexte, les objectifs, les profils de participants, le déroulé et les outils d’animation de l’atelier
OMEES__atelierParticipatifMoustiqueTigre_Donnees.pdf
Feb 23, 2026 - Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
Adobe PDF - 12.6 MB - MD5: 28209c60853dbccfea14f4bf546d8bca
Données
Présentation des données produites par les différents organismes/instituts participant à l'atelier
OMEES__atelierParticipatifMoustiqueTigre_Fiches.zip
Feb 23, 2026 - Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
ZIP Archive - 204.7 KB - MD5: 4922eb80075797f33e8b8c50e39b52fa
Données
Fiches mobilisées pendant l'atelier pour les différentes activités
OMEES__atelierParticipatifMoustiqueTigre_Livrables.zip
Feb 23, 2026 - Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
ZIP Archive - 69.6 MB - MD5: 726c22097a382eb4feedba1483f46077
Données
Synthèse des résultats de l’atelier, incluant les profils d’utilisateurs cibles, l’expression des besoins, les scénarios d’usage envisagés, les indicateurs prioritaires et les enjeux associés à la surveillance et à l’alerte précoce du moustique tigre
OMEES__atelierParticipatifMoustiqueTigre_Programme.pdf
OMEES__atelierParticipatifMoustiqueTigre_Programme.pdf
Feb 23, 2026 - Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
Adobe PDF - 184.4 KB - MD5: 7e53f60affb9546e7c70a0ab92d4175e
Données
Tableau synthétique présentant le programme de l'atelier
ReadMe_10-23708-2RXQC6.txt
Feb 23, 2026 - Résultats d’un atelier participatif de co-construction d’un système de surveillance et d’alerte précoce pour le moustique tigre (Aedes albopictus) en Occitanie
Plain Text - 2.2 KB - MD5: e6f5abc696ebb9cf2fc207a167406e8e
Documentation
contains the citation, description and conditions of use, or even access, depending on the case, to the dataset
Replication data for "Genomic insights into host shifts between Plasmodium vivax and Plasmodium simium in Latin America."
Replication data for "Genomic insights into host shifts between Plasmodium vivax and Plasmodium simium in Latin America."
Sep 24, 2025
Lefebvre, Margaux; Degrugillier, Fanny; Arnathau, Céline; Gonzalez, Camila; Rondon, Sylvia; Link, Andres; Chaves, Andrea; Benavides, Julio A.; Alves Scarpellini Campos, Aline; Dos Santos, Edmilson; Huff, Rosana; Dornelles Silva, Cláudia Maria; Vanderhoeven, Ezequiel; De Thoisy, Benoit; Fontaine, Michael C.; Prugnolle, Franck; Rougeron, Virginie, 2025, "Replication data for "Genomic insights into host shifts between Plasmodium vivax and Plasmodium simium in Latin America."", https://doi.org/10.23708/RCOGR6, DataSuds, V1
These data and scripts are accompanying the manuscript: "Genomic insights into host shifts between Plasmodium vivax and Plasmodium simium in Latin America" by Margaux J. M. Lefebvre*, Fanny Degrugillier, Céline Arnathau, Camila González, Silvia Rondón, Andrés Link, Andrea. Chaves...
ReadMe_RCOGR6.txt
Sep 24, 2025 - Replication data for "Genomic insights into host shifts between Plasmodium vivax and Plasmodium simium in Latin America."
Plain Text - 1.4 KB - MD5: 1131e4241bed6174af4acc0f82da82dc
Documentation
Contains citation, description and conditions of use of dataset data
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